Über diesen Kurs
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Stufe „Anfänger“

Ca. 13 Stunden zum Abschließen

Empfohlen: 12-18 hours videos and labs...

Englisch

Untertitel: Englisch

Kompetenzen, die Sie erwerben

Genetic AnalysisBioinformatics AnalysisEvolutionComparative Genomics

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Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden

Woche
1
3 Stunden zum Abschließen

NCBI/Blast I

In this module we'll be exploring the amazing resources available at NCBI, the National Centre for Biotechnology Information, run by the National Library of Medicine in the USA. We'll also be doing a Blast search to find similar sequences in the enormous NR sequence database. We can use similar sequences to infer homology, which is the primary predictor of gene or protein function. ...
4 Videos (Gesamt 52 min), 4 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Lecture25m
Lab Discussion24m
Summary
4 Lektüren
Acknowledgements10m
Course Logistics10m
Lecture Materials10m
Lab 1 -- Exploring NCBI30m
1 praktische Übung
Lab 1 Quiz6m
Woche
2
3 Stunden zum Abschließen

Blast II/Comparative Genomics

In this module we'll continue exploring the incredible resources available at NCBI, the National Centre for Biotechnology Information. We will be performing several different kinds of Blast searches: BlastP, PSI-Blast, and Translated Blast. We can use similar sequences identified by such methods to infer homology, which is the primary predictor of gene or protein function. We'll also be comparing parts of the genomes of a couple of different species, to see how similar they are....
4 Videos (Gesamt 58 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Lecture32m
Lab Discussion23m
Summary
2 Lektüren
Lecture Materials10m
Lab 2 -- Advanced Blast and Comparative Genomics30m
1 praktische Übung
Lab 2 Quiz6m
Woche
3
2 Stunden zum Abschließen

Multiple Sequence Alignments

In this module we'll be doing multiple sequence alignments with Clustal (as implemented in MEGA), DiAlign, and MAFFT. Multiple sequences alignments can tell you where in a sequence the conserved and variable regions are, which is important for understanding the biology of the sequences under investigation. It also has practical applications, such as being able to design PCR primers that will amplify sequences from a number of different species, for example....
4 Videos (Gesamt 42 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Lecture23m
Lab Discussion16m
Summary
2 Lektüren
Lecture Materials10m
Lab 3 -- Multiple Sequence Alignment30m
1 praktische Übung
Lab 3 Quiz6m
Woche
4
10 Minuten zum Abschließen

Review: NCBI/Blast I, Blast II/Comparative Genetics, and Multiple Sequence Alignments

...
1 Quiz
1 praktische Übung
Quiz: Modules 1-310m
Woche
5
2 Stunden zum Abschließen

Phylogenetics

In this module we'll be using the multiple sequence alignments we generated last lab to do some phylogenetic analyses with both neighbour-joining and maximum likelihood methods. The tree-like structure generated by such analyses tells us how closely sequences are related one to another, and suggests when in evolutionary time a speciation or gene duplication event occurred....
4 Videos (Gesamt 36 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Lecture25m
Lab Discussion9m
Summary
2 Lektüren
Lecture Materials10m
Lab 4 -- Phylogenetics30m
1 praktische Übung
Lab 4 Quiz6m
Woche
6
2 Stunden zum Abschließen

Selection Analysis

In this module we'll take a set of orthologous sequences from bacteria and use DataMonkey to analyze them for the presence of certain sites under positive, negative or neutral selection. Such an analysis can help understand the biology of a set of protein coding sequences by identifying residues that might be important for biological function (those residues under negative selection) or those that might be involved in response to external influences, such as drugs, pathogens or other factors (residues under positive selection)....
4 Videos (Gesamt 38 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Lecture23m
Lab Discussion10m
Summary1m
2 Lektüren
Lecture Materials10m
Lab 5 -- Selection Analysis30m
1 praktische Übung
Lab 5 Quiz6m
Woche
7
3 Stunden zum Abschließen

'Next Gen' Sequence Analysis (RNA-Seq) / Metagenomics

In this module we'll explore some of the data that have been generated as a result of the rapid decrease in the cost of sequencing DNA. We'll be exploring a couple of RNA-Seq data sets that can tell us where any given gene is expressed, and also how that gene might be alternatively spliced. We'll also be looking at a couple of metagenome data sets that can tell us about the kinds of species (especially microbial species that might otherwise be hard to culture) that are in a given environmental niche....
4 Videos (Gesamt 51 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Lecture24m
Lab Discussion20m
Summary4m
2 Lektüren
Lecture Materials10m
Lab 6 -- Next Generation Sequencing Applications: RNA-Seq and Metagenomics30m
1 praktische Übung
Lab 6 Quiz6m
Woche
8
1 Stunde zum Abschließen

Review: Phylogenetics, Selection Analysis, and 'Next Gen' Sequence Analysis (RNA-seq)/Metagenomics + Final Assignment

...
1 Lektüre, 2 Quiz
1 Lektüre
Final Assignment Instructions10m
2 praktische Übungen
Review: Modules 5-710m
Final Assignment10m
4.7
158 BewertungenChevron Right

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Top-Bewertungen

von EDApr 27th 2017

Great course. All lectures provide a biological context for the tools you learn in the labs. The labs themselves provide a great introduction to the many tools available for bioinformatic analysis.

von FJFeb 6th 2017

The videos were very clear on how to use various bioinformatic tools. I found no difficulty in understanding them. Really enjoyed the course. Looking forward to the next part of this course!

Dozent

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Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

Über University of Toronto

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Häufig gestellte Fragen

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