Über diesen Kurs
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Stufe „Anfänger“

Ca. 11 Stunden zum Abschließen

Empfohlen: 12-18 hours of videos and labs...

Englisch

Untertitel: Englisch

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Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden

Woche
1
3 Stunden zum Abschließen

Protein Motifs

In this module we'll be exploring conserved regions within protein families. Such regions can help us understand the biology of a sequence, in that they are likely important for biological function, and also be used to help ascribe function to sequences where we can't identify any homologs in the databases. There are various ways of describing the conserved regions from simple regular expressions to profiles to profile hidden Markov models (HMMs).

...
4 Videos (Gesamt 34 min), 4 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Summary1m
4 Lektüren
Acknowledgements10m
Course Logistics10m
Lecture Materials10m
Lab 1 -- Protein Domain, Motif and Profile Analysis1h 30m
1 praktische Übung
Lab 1 Quiz6m
Woche
2
2 Stunden zum Abschließen

Protein-Protein Interactions

In this module we'll be exploring protein-protein interactions (PPIs). Protein-protein interactions are important as proteins don't act in isolation, and often an examination of the interaction partners (determined in an unbiased, perhaps high throughput way) of a given protein can tell us a lot about its biology. We'll talk about some different methods used to determine PPIs and go over their strengths and weaknesses. In the lab we'll use 3 different tools and two different databases to examine interaction partners of BRCA2, a protein that we examined in last module's lab. Finally, we'll touch on a "foundational" concept, Gene Ontology (GO) term enrichment analysis, to help us understand in an overview way the proteins interacting with our example.

...
4 Videos (Gesamt 37 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Summary1m
2 Lektüren
Lecture Materials10m
Lab 2 -- Protein-Protein Interactions1h 30m
1 praktische Übung
Lab 2 Quiz6m
Woche
3
2 Stunden zum Abschließen

Protein Structure

The determination of a protein's tertiary structure in three dimensions can tell us a lot about the biology of that protein. In this module's mini-lecture, we'll talk about some different methods used to determine a protein's tertiary structure and cover the main database for protein structure data, the PDB. In the lab we'll explore the PDB and an online tool for searching for structural (as opposed to sequence) similarity, VAST. We'll then use a nice piece of stand-alone software, PyMOL, to explore several protein structures in more detail.

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4 Videos (Gesamt 32 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Summary1m
2 Lektüren
Lecture Materials10m
Lab 3 -- Structural Bioinformatics1h 30m
1 praktische Übung
Lab 3 Quiz6m
Woche
4
10 Minuten zum Abschließen

Review: Protein Motifs, Protein-Protein Interactions, and Protein Structure

...
1 Quiz
1 praktische Übung
Quiz: Protein Motifs, Protein-Protein Interactions, and Protein Structure10m
4.7
39 BewertungenChevron Right

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Top reviews from Bioinformatic Methods II

von RGApr 6th 2017

Gives the student real world exposure to the tools to study proteins gene regulation, etc. Instructor is involved and friendly. Highly recommended for someone who is interested in contemporary

von NMJan 9th 2018

Hi Nicholas, Thank you so much for giving a lot of information. Bioinformatic Methods II was little difficult but understood after repeating the lad discussions. Thanks a lot.

Dozent

Avatar

Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

Über University of Toronto

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Häufig gestellte Fragen

  • Sobald Sie sich für ein Zertifikat angemeldet haben, haben Sie Zugriff auf alle Videos, Quizspiele und Programmieraufgaben (falls zutreffend). Aufgaben, die von anderen Kursteilnehmern bewertet werden, können erst dann eingereicht und überprüft werden, wenn Ihr Unterricht begonnen hat. Wenn Sie sich den Kurs anschauen möchten, ohne ihn zu kaufen, können Sie womöglich auf bestimmte Aufgaben nicht zugreifen.

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