Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе.
The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.
Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)
von
6,167 bereits angemeldet!
Saint Petersburg State University
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
Woche
11 Stunde zum Abschließen
Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)
Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from.
8 Videos (Gesamt 61 min), 1 Quiz
8 Videos
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3m
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6m
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6m
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13m
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7m
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13m
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3m
1 praktische Übung
Тест 1 (Quiz 1)20m
Woche
21 Stunde zum Abschließen
Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)
Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS.
4 Videos (Gesamt 41 min), 1 Quiz
4 Videos
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7m
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14m
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9m
1 praktische Übung
Тест 2 (Quiz 2)20m
Woche
31 Stunde zum Abschließen
Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)
На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system.
6 Videos (Gesamt 50 min), 1 Quiz
6 Videos
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4m
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10m
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9m
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8m
Введение в Linux (Introduction to Linux)13m
1 praktische Übung
Тест 3 (Quiz 3)20m
Woche
42 Stunden zum Abschließen
Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)
Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!
7 Videos (Gesamt 72 min), 1 Quiz
7 Videos
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15m
Алгоритмы (Algorithms)6m
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9m
Overlap Layout Concensus9m
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8m
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10m
1 praktische Übung
Тест 4 (Quiz 4)20m
Woche
52 Stunden zum Abschließen
Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)
Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для работы со строками. <br>Fifth week of our course is devoted to short read alignment to the reference genome, which is used when we work with the already studied organisms. In lectures we will talk about the most popular software for solving such problems, as well as basic algorithms for working with strings.
8 Videos (Gesamt 84 min), 1 Quiz
8 Videos
Построение индекса (Building index)10m
Выравнивание с помощью Bowtie (Bowtie Alignment)8m
Форматы SAM, BAM. Сортировка. (SAM, BAM Alignment Format. Sorting.)15m
Поиск вариантов (Variant Calling)13m
Строковые алгоритмы. Хэш-функция. (String Algorithms. Hash.)8m
Поиск подстроки с ошибками (String Searching with Errors)3m
Суффиксные деревья (Suffix Trees)13m
1 praktische Übung
Тест 5 (Quiz 5)20m
Woche
61 Stunde zum Abschließen
Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)
В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.<br>
In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences.
4 Videos (Gesamt 59 min), 1 Quiz
4 Videos
Скрытые марковские модели (Hidden Markov Models)11m
Аннотация генов в бактериальном геноме (Bacterial Genome Annotation)22m
Анализ вариантов (Variant Analysis)17m
1 praktische Übung
Тест 6 (Quiz 6)20m
Woche
71 Stunde zum Abschließen
Геномный проект (Genome Project)
В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году. <br>In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacterial genome, interpret the results and find the cause of the terrible epidemic in Europe in 2011.
4 Quiz
4 praktische Übungen
Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)10m
Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)10m
Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)10m
Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)8m
Dozenten
Alla L Lapidus
Professor, Department of Cytology and HistologyCentre For Algorithmic Biotechnology
Павел Добрынин
Младший научный сотрудникЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Михаил Райко
ПостдокЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Екатерина Черняева
ПостдокЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Über Saint Petersburg State University
Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России.
В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности.
Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ.
St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University.
Häufig gestellte Fragen
Wann erhalte ich Zugang zu den Vorträgen und Aufgaben?
Sobald Sie sich für ein Zertifikat angemeldet haben, haben Sie Zugriff auf alle Videos, Quizspiele und Programmieraufgaben (falls zutreffend). Aufgaben, die von anderen Kursteilnehmern bewertet werden, können erst dann eingereicht und überprüft werden, wenn Ihr Unterricht begonnen hat. Wenn Sie sich den Kurs anschauen möchten, ohne ihn zu kaufen, können Sie womöglich auf bestimmte Aufgaben nicht zugreifen.
Was bekomme ich, wenn ich das Zertifikat erwerbe?
Wenn Sie ein Zertifikat erwerben, erhalten Sie Zugriff auf alle Kursmaterialien, einschließlich bewerteter Aufgaben. Nach Abschluss des Kurses wird Ihr elektronisches Zertifikat zu Ihrer Seite „Errungenschaften“ hinzugefügt – von dort können Sie Ihr Zertifikat ausdrucken oder es zu Ihrem LinkedIn Profil hinzufügen. Wenn Sie nur lesen und den Inhalt des Kurses anzeigen möchten, können Sie kostenlos als Gast an dem Kurs teilnehmen.
Wie erfolgen Rückerstattungen?
Ist finanzielle Unterstützung möglich?
Haben Sie weitere Fragen? Besuchen Sie das Hilfe-Center für Teiln..
Coursera arbeitet mit erstklassigen Universitäten und Organisationen zusammen, um Online-Kurse anzubieten und dadurch universellen Zugriff auf die weltweit beste Ausbildung zu ermöglichen.
© 2019 Coursera Inc. Alle Rechte vorbehalten.
