Learn to use the tools that are available from the Galaxy Project. This is the second course in the Genomic Big Data Science Specialization.
Dieser Kurs ist Teil der Spezialisierung Spezialisierung Genomic Data Science
Genomic Data Science with Galaxy
von
Über diesen Kurs
35,283 kürzliche Aufrufe
Kompetenzen, die Sie erwerben
BioinformaticsData AnalysisGenomeGenomics
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
Woche
11 Stunde zum Abschließen
Introduction
This week, we will present some of the research challenges that motivated the development of the Galaxy framework. We will then introduce Galaxy, describe what the Galaxy framework is, and look at different ways you can use it.
2 Videos (Gesamt 13 min), 4 Lektüren, 1 Quiz
4 Lektüren
Welcome10m
Syllabus10m
Pre-Course Survey10m
A Note about AWS10m
1 praktische Übung
Module 1 Quiz22m
Woche
22 Stunden zum Abschließen
Galaxy 101
In this module and the following modules we will start to use Galaxy to perform different types of analysis.
3 Videos (Gesamt 42 min), 1 Quiz
3 Videos
Galaxy 101: Workflows12m
Annotation, Sharing, and Publishing13m
1 praktische Übung
Module 2 Quiz56m
Woche
31 Stunde zum Abschließen
Working with sequence data
In this module we will be studying sequence data quality control as well as ChIP-Sequence Analysis with MACS.
2 Videos (Gesamt 25 min), 1 Quiz
1 praktische Übung
Module 3 Quiz18m
Woche
44 Stunden zum Abschließen
RNA-seq & Running your own Galaxy
In these final modules, we'll take a look at working with sequence data and RNA-seq and at installing and running your own Galaxy.
4 Videos (Gesamt 49 min), 2 Lektüren, 3 Quiz
4 Videos
RNA Sequence Analysis: Assembly Quantitation, and Differential Expression12m
Installing Galaxy Locally8m
Galaxy on the Cloud19m
2 Lektüren
TopHat availability10m
Post-Course Survey10m
2 praktische Übungen
Module 4 Quiz22m
Module 5 Quiz20m
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Top-Bewertungen von Genomic Data Science with Galaxy
Great Course if you are interested in dissecting the genome. Galaxy opens up this invisible world and allows even us little people to explore the world once reserved to only Academia.
This was a lot of work and rewarding to complete. The final project was challenging and the forum contributors helped a lot in pointing out good resources or strategies they had used.
Dozent
James Taylor, PhD
Associate Professor of Biology and Computer ScienceÜber Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Über den Spezialisierung Genomic Data Science
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
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Häufig gestellte Fragen
Wann erhalte ich Zugang zu den Vorträgen und Aufgaben?
Sobald Sie sich für ein Zertifikat angemeldet haben, haben Sie Zugriff auf alle Videos, Quizspiele und Programmieraufgaben (falls zutreffend). Aufgaben, die von anderen Kursteilnehmern bewertet werden, können erst dann eingereicht und überprüft werden, wenn Ihr Unterricht begonnen hat. Wenn Sie sich den Kurs anschauen möchten, ohne ihn zu kaufen, können Sie womöglich auf bestimmte Aufgaben nicht zugreifen.
Was bekomme ich, wenn ich diese Spezialisierung abonniere?
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