Learn to use the tools that are available from the Galaxy Project. This is the second course in the Genomic Big Data Science Specialization.
Dieser Kurs ist Teil der Spezialisierung Spezialisierung Genomic Data Science
Genomic Data Science with Galaxy
von
Über diesen Kurs
3.7
474 Bewertungen
Kompetenzen, die Sie erwerben
BioinformaticsData AnalysisGenomeGenomics
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
Woche
11 Stunde zum Abschließen
Introduction
This week, we will present some of the research challenges that motivated the development of the Galaxy framework. We will then introduce Galaxy, describe what the Galaxy framework is, and look at different ways you can use it.
2 Videos (Gesamt 13 min), 4 Lektüren, 1 Quiz
4 Lektüren
Welcome10m
Syllabus10m
Pre-Course Survey10m
A Note about AWS10m
1 praktische Übung
Module 1 Quiz22m
Woche
22 Stunden zum Abschließen
Galaxy 101
In this module and the following modules we will start to use Galaxy to perform different types of analysis.
3 Videos (Gesamt 42 min), 1 Quiz
3 Videos
Galaxy 101: Workflows12m
Annotation, Sharing, and Publishing13m
1 praktische Übung
Module 2 Quiz56m
Woche
31 Stunde zum Abschließen
Working with sequence data
In this module we will be studying sequence data quality control as well as ChIP-Sequence Analysis with MACS.
2 Videos (Gesamt 25 min), 1 Quiz
1 praktische Übung
Module 3 Quiz18m
Woche
44 Stunden zum Abschließen
RNA-seq & Running your own Galaxy
In these final modules, we'll take a look at working with sequence data and RNA-seq and at installing and running your own Galaxy.
4 Videos (Gesamt 49 min), 2 Lektüren, 3 Quiz
4 Videos
RNA Sequence Analysis: Assembly Quantitation, and Differential Expression12m
Installing Galaxy Locally8m
Galaxy on the Cloud19m
2 Lektüren
TopHat availability10m
Post-Course Survey10m
2 praktische Übungen
Module 4 Quiz22m
Module 5 Quiz20m
50%
nahm einen neuen Beruf nach Abschluss dieser Kurse auf
25%
ziehen Sie für Ihren Beruf greifbaren Nutzen aus diesem Kurs
Top-Bewertungen
This was a lot of work and rewarding to complete. The final project was challenging and the forum contributors helped a lot in pointing out good resources or strategies they had used.
Great Course if you are interested in dissecting the genome. Galaxy opens up this invisible world and allows even us little people to explore the world once reserved to only Academia.
Dozent
James Taylor, PhD
Associate Professor of Biology and Computer ScienceÜber Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Über die Spezialisierung Genomic Data Science
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
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Häufig gestellte Fragen
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