Über diesen Kurs
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Stufe „Anfänger“

Ca. 18 Stunden zum Abschließen

Englisch

Untertitel: Englisch, Portugiesisch (Brasilien), Chinesisch (vereinfacht)

Kompetenzen, die Sie erwerben

AlgorithmsPython ProgrammingWhole Genome SequencingDynamic Programming

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Stufe „Anfänger“

Ca. 18 Stunden zum Abschließen

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Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden

Woche
1
4 Stunden zum Abschließen

Week 1: Introduction to Genome Sequencing

8 Videos (Gesamt 36 min), 2 Lektüren, 3 Quiz
8 Videos
FIELD TRIP!4m
What Is Genome Sequencing?6m
Exploding Newspapers4m
The String Reconstruction Problem3m
String Reconstruction as a Hamiltonian Path Problem3m
String Reconstruction as an Eulerian Path Problem5m
Similar Problems with Different Fates 3m
2 Lektüren
Course Details10m
Week 1 FAQs (Optional)
1 praktische Übung
Week 1 Quiz15m
Woche
2
3 Stunden zum Abschließen

Week 2: Applying Euler's Theorem to Assemble Genomes

5 Videos (Gesamt 28 min), 1 Lektüre, 3 Quiz
5 Videos
Euler's Theorem 6m
Assembling Read-Pairs 8m
De Bruijn Graphs Face Harsh Realities of Assembly 4m
Returning to Konigsberg 1m
1 Lektüre
Week 2 FAQs (Optional)
1 praktische Übung
Week 2 Quiz15m
Woche
3
4 Stunden zum Abschließen

Week 3: Sequencing Antibiotics

5 Videos (Gesamt 27 min), 1 Lektüre, 3 Quiz
5 Videos
How Do Bacteria Make Antibiotics? 8m
Sequencing Antibiotics by Shattering Them into Pieces 4m
A Brute Force Algorithm for Cyclopeptide Sequencing 3m
Cyclopeptide Sequencing with Branch and Bound 6m
1 Lektüre
Week 3 FAQs (Optional)
1 praktische Übung
Week 3 Quiz15m
Woche
4
3 Stunden zum Abschließen

Week 4: From Ideal to Real Spectra for Antibiotics Sequencing

4 Videos (Gesamt 18 min), 1 Lektüre, 3 Quiz
4 Videos
From 20 to More than 100 Amino Acids 2m
The Spectral Convolution Saves the Day 6m
The Truth About Spectra 2m
1 Lektüre
Week 4 FAQs (Optional)
1 praktische Übung
Week 4 Quiz15m
4.7
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Top-Bewertungen von Genome Sequencing (Bioinformatics II)

von SVJan 10th 2017

Great course to explore a bit of Bioinformatics for those with no background in Bioinformatics. I love the way the content has been provided, its interactivity increases the interest in the course.

von MPDec 8th 2017

I like the real-world tasks, especially the assembly on the final exam. Some of the programming tasks, such as the antibiotic noisy spectrum assembly, are challenging (which is good).

Dozenten

Avatar

Pavel Pevzner

Professor
Department of Computer Science and Engineering
Avatar

Phillip Compeau

Visiting Researcher
Department of Computer Science & Engineering

Über University of California San Diego

UC San Diego is an academic powerhouse and economic engine, recognized as one of the top 10 public universities by U.S. News and World Report. Innovation is central to who we are and what we do. Here, students learn that knowledge isn't just acquired in the classroom—life is their laboratory....

Über den Spezialisierung Bioinformatik

Join Us in a Top 50 MOOC of All Time! How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth? When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science. Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional! Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video. You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website. Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!...
Bioinformatik

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