How do we infer which genes orchestrate various processes in the cell? How did humans migrate out of Africa and spread around the world? In this class, we will see that these two seemingly different questions can be addressed using similar algorithmic and machine learning techniques arising from the general problem of dividing data points into distinct clusters.
Dieser Kurs ist Teil der Spezialisierung Spezialisierung Bioinformatik
Genomic Data Science and Clustering (Bioinformatics V)
von
Über diesen Kurs
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Stufe „Anfänger“
Ca. 10 Stunden zum Abschließen
Englisch
Untertitel: Englisch
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
5 Stunden zum Abschließen
Week 1: Introduction to Clustering Algorithms
<p>Welcome to class!</p><p>At the beginning of the class, we will see how algorithms for <strong>clustering </strong>a set of data points will help us determine how yeast became such good wine-makers. At the bottom of this email is the Bioinformatics Cartoon for this chapter, courtesy of <a href="http://bearandfox.com" target="_blank" title="Link: http://bearandfox.com">Randall Christopher</a> and serving as a chapter header in the Specialization's bestselling <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a>. How did the monkey lose a wine-drinking contest to a tiny mammal? Why have Pavel and Phillip become cavemen? And will flipping a coin help them escape their eternal boredom until they can return to the present? Start learning to find out!</p><p><img width="550" alt="" src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/clustering_cropped.jpg" title="Image: http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/clustering_cropped.jpg"></p>
5 Stunden zum Abschließen
5 Videos (Gesamt 33 min), 2 Lektüren, 3 Quiz
5 Videos
Which Yeast Genes are Responsible for Wine Making? 6m
Gene Expression Matrices 6m
Clustering as an Optimization Problem 10m
The Lloyd Algorithm for k-Means Clustering 5m
2 Lektüren
Course Details10m
Week 1 FAQs (Optional)
1 praktische Übung
Week 1 Quiz20m
4 Stunden zum Abschließen
Week 2: Advanced Clustering Techniques
<p>Welcome to week 2 of class!</p>
4 Stunden zum Abschließen
5 Videos (Gesamt 35 min), 1 Lektüre, 3 Quiz
5 Videos
From Coin Flipping to k-Means Clustering 4m
Expectation Maximization 7m
Soft k-Means Clustering 3m
Hierarchical Clustering 7m
1 Lektüre
Week 2 FAQs (Optional)
1 praktische Übung
Week 2 Quiz15m
1 Stunde zum Abschließen
Week 3: Introductory Algorithms in Population Genetics
1 Stunde zum Abschließen
2 Lektüren
2 Lektüren
Statement on This Week's Material10m
How Have Humans Populated the Earth?10m
1 praktische Übung
Week 3 Quiz10m
Bewertungen
Top-Bewertungen von GENOMIC DATA SCIENCE AND CLUSTERING (BIOINFORMATICS V)
von DDOct 23, 2019
Truly awesome. What I liked best was that this course didn't have a peer reviewed final challenge, so I didn't have to wait months until my work was graded :)
von QWMay 21, 2017
The first two week was very good, but for week 3 I don't see the content has any connection with Genomic Data Science.
von JMMar 21, 2020
Really enjoyed the clustering chapters and the practical exercises with the yeast dataset
von ZXJul 20, 2019
In depth and comprehensive coverage of the topics in genetic data analysis.
von MKNov 10, 2018
Absolutely fantastic course. Kudos to the course creators.
Über University of California San Diego
UC San Diego is an academic powerhouse and economic engine, recognized as one of the top 10 public universities by U.S. News and World Report. Innovation is central to who we are and what we do. Here, students learn that knowledge isn't just acquired in the classroom—life is their laboratory.
Über den Spezialisierung Bioinformatik
Join Us in a Top 50 MOOC of All Time!
How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth?
When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science.
Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional!
Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video.
You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website.
Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!
Häufig gestellte Fragen
Wann erhalte ich Zugang zu den Vorträgen und Aufgaben?
Sobald Sie sich für ein Zertifikat angemeldet haben, haben Sie Zugriff auf alle Videos, Quizspiele und Programmieraufgaben (falls zutreffend). Aufgaben, die von anderen Kursteilnehmern bewertet werden, können erst dann eingereicht und überprüft werden, wenn Ihr Unterricht begonnen hat. Wenn Sie sich den Kurs anschauen möchten, ohne ihn zu kaufen, können Sie womöglich auf bestimmte Aufgaben nicht zugreifen.
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