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Rebecca Wattam

10.287 bereits angemeldet

von

Bacterial Bioinformatics

University of Virginia

Über diesen Kurs

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This course provides demonstrations and exercises for performing common genomics-based analysis tasks of bacterial sequence data.  It uses PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, as the platform for analysis. PATRIC is the NIH/NIAID-funded bacterial Bioinformatics Resource Center, providing comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. 
Course participants will gain skills needed to do comparative analysis of bacterial genomes, starting with raw sequence data.The lessons in the first module cover genome assembly, annotation, phylogenetic tree construction, and protein family / proteome comparisons. Each lesson builds on the previous, creating a complete baseline analysis workflow.

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Stufe „Mittel“

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Ca. 13 Stunden zum Abschließen

Englisch

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Was Sie lernen werden

Learn how to assemble a bacterial genome
Learn how to annotate a bacterial genome
Learn how to generate a phylogenetic tree from a set of bacterial genomes
Learn how to perform basic comparative analyses of a set of bacterial genomes

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Dozent

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4,75/5 (49 Bewertungen)

Rebecca Wattam

Professor

Biocomplexity Institute and Initiative

10.287 Lernende

1 Kurse

von

University of Virginia

A premier institution of higher education, The University of Virginia offers outstanding academics, world-class faculty, and an inspiring, supportive environment. Founded by Thomas Jefferson in 1819, the University is guided by his vision of discovery, innovation, and development of the full potential of students from all walks of life. Through these courses, global learners have an opportunity to study with renowned scholars and thought leaders.

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Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden

Woche1

Woche 1

1 Stunde zum Abschließen

Introduction

This lesson provides an introduction to PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, a Bioinformatics Resource Center dedicated to supporting bacterial research. PATRIC provides comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. PATRIC will serve as the platform for the analysis methods covered in this module.

1 Stunde zum Abschließen

7 Videos (Gesamt 42 min)

Woche2

Woche 2

1 Stunde zum Abschließen

Assembly

1 Stunde zum Abschließen

7 Videos (Gesamt 49 min)

Woche3

Woche 3

2 Stunden zum Abschließen

Annotation

2 Stunden zum Abschließen

7 Videos (Gesamt 77 min)

Woche4

Woche 4

2 Stunden zum Abschließen

Comprehensive Genome Analysis

2 Stunden zum Abschließen

10 Videos (Gesamt 101 min)

Woche5

Woche 5

2 Stunden zum Abschließen

Codon-Based Phyogenetic Trees

2 Stunden zum Abschließen

9 Videos (Gesamt 107 min)

9 Videos

Introduction to codon trees2mCreating genome groups for building codon trees16mSubmitting the tree-building job11mReviewing the codon tree report11mAccessing codon tree files in the jobs folder10mRemoving problem genomes from groups 17mUsing the Protein Family Sorter to improve the tree16mViewing the tree in FigTree8m Finding help and citing PATRIC11m

1 praktische Übung

Review of codon trees30m

Woche6

Woche 6

1 Stunde zum Abschließen

Similar Genome Finder

1 Stunde zum Abschließen

4 Videos (Gesamt 25 min)

Woche7

Woche 7

2 Stunden zum Abschließen

Protein Family Sorter

2 Stunden zum Abschließen

13 Videos (Gesamt 99 min)

13 Videos

Introduction to Protein Family Sorter4mUsing Global Search7mCreating a genome group5mSubmitting a Protein Family Sorter Service analysis job6mProtein Family Sorter tabular results7mFiltering tabular results8mHeatmap filtering5mHeatmap clustering5mAnchoring and downloading heatmap data8mUsing the Feature Table and Compare Region Viewer14mDownloading sequences from Feature Table and viewing in the Genome Browser11mBLASTing a genomic region10mProtein Family Sorter summary2m

1 praktische Übung

Review of Protein Family Sorter30m

Woche8

Woche 8

2 Stunden zum Abschließen

Proteome Comparison

2 Stunden zum Abschließen

11 Videos (Gesamt 74 min)

11 Videos

Introduction to Proteome Comparison4mSelecting parameters8mSelecting a reference genome3mUsing a feature group or FASTA file as input6mUsing a feature group as the reference2mUsing a FASTA file as the reference4mSelecting the genomes to use for the comparison3m3 flavors of reference genomes5mReviewing the output job results21mCiting PATRIC and getting help5mSummary of analysis of two assembly strategies8m

1 praktische Übung

Review of Proteome Comparison30m

Bewertungen

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26 Bewertungen

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Top-Bewertungen von BACTERIAL BIOINFORMATICS

von PP23. Dez. 2020

very useful course , can solve a lot of problem in bacterium genome analysis easily

von NG14. Feb. 2022

it was very informative course and i enjoyed doing home works and assessments.

thank you

Regards

Neeraja

von GT4. Feb. 2022

i appreciate the dedication and design of the course. it so practical and friendly. thank You Dr. Rebecca.

von YS27. Okt. 2022

Very informative course content and I have learned a lot

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Häufig gestellte Fragen

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