Über diesen Kurs

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Stufe „Mittel“

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Ca. 14 Stunden zum Abschließen
Englisch

Was Sie lernen werden

  • Learn how to assemble a bacterial genome

  • Learn how to annotate a bacterial genome

  • Learn how to generate a phylogenetic tree from a set of bacterial genomes

  • Learn how to perform basic comparative analyses of a set of bacterial genomes

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Stufe „Mittel“

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Ca. 14 Stunden zum Abschließen
Englisch

von

Placeholder

University of Virginia

Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden

Woche
1

Woche 1

1 Stunde zum Abschließen

Introduction

1 Stunde zum Abschließen
7 Videos (Gesamt 42 min)
7 Videos
History of PATRIC and the BRC program3m
PATRIC overview - tabs and information16m
Registering and logging on to PATRIC2m
PATRIC workspace-Create Shared Workspace6m
Sharing a genome with other PATRIC users4m
Copying a genome annotation job to a shared workspace3m
1 praktische Übung
PATRIC overview, login, and workspace sharing30m
Woche
2

Woche 2

1 Stunde zum Abschließen

Assembly

1 Stunde zum Abschließen
7 Videos (Gesamt 49 min)
7 Videos
Uploading read files to the workspace for assembly11m
Submitting reads to the Genome Assembly Service8m
Selecting assembly strategies and submitting the assembly job8m
Monitoring the assembly job and reviewing job results7m
Genome coverage in Genome Report2m
Assembly questions and getting help with problems4m
1 praktische Übung
Review of genome assembly30m
Woche
3

Woche 3

2 Stunden zum Abschließen

Annotation

2 Stunden zum Abschließen
7 Videos (Gesamt 77 min)
7 Videos
Uploading contig files to the PATRIC workspace12m
Submitting a job to the PATRIC Genome Annotation Service7m
Reviewing the resulting Genome Report19m
Downloading the generated files 11m
Viewing your annotated genome in PATRIC15m
Finding help or reporting problems with the service5m
1 praktische Übung
Review of genome annotation30m
Woche
4

Woche 4

2 Stunden zum Abschließen

Comprehensive Genome Analysis

2 Stunden zum Abschließen
10 Videos (Gesamt 101 min)
10 Videos
Submitting a job using reads16m
Submitting contigs8m
Full Genome Report13m
Job Results11m
Assembly results11m
Annotation results12m
Viewing annotated genome12m
Finding help and citing5m
Hybrid Assembly Summary8m
1 praktische Übung
Review of the Comprehensive Genome Analysis Service30m

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Häufig gestellte Fragen

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