Über diesen Kurs
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Ca. 19 Stunden zum Abschließen

Empfohlen: 3 weeks of study, 1-3 hours/week...

Englisch

Untertitel: Englisch

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Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden

Woche
1
3 Stunden zum Abschließen

From sampling to sequencing

10 Videos (Gesamt 112 min), 13 Lektüren, 2 Quiz
10 Videos
Introduction to metagenomics10m
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10m
Introduction to antimicrobial resistance11m
Sampling for surveillance18m
Sampling at farms and slaughterhouses14m
Sample storage2m
Isolation of DNA from complex samples10m
Sample processing for viral metagenomics7m
Sequencing platforms12m
13 Lektüren
Glossary20m
Get started !5m
Introduction to metagenomics2m
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2m
Introduction to antimicrobial resistance2m
Sampling for surveillance5m
Sampling at farms and slaughterhouses2m
Sample storage2m
Isolation of DNA from complex samples2m
Notes on library preparation5m
Sequencing platforms10m
Assessment case-study - part 15m
Assessment case study - part 22m
2 praktische Übungen
Module 1 assessment - part 18m
Module 1 assessment - part 212m
Woche
2
3 Stunden zum Abschließen

FROM READS TO RESULTS

6 Videos (Gesamt 64 min), 11 Lektüren, 1 Quiz
6 Videos
Overview of available metagenomic analysis tools7m
MGmapper13m
ResFinder database5m
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16m
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14m
11 Lektüren
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5m
Overview of available metagenomic analysis tools10m
MGmapper10m
MGmapper - Best mode vs Full mode10m
ResFinder database3m
Assessment case-study - part 310m
Samples sheet10m
Report A - FastQC results10m
Report B - MGmapper results10m
Report C - KRAKEN results10m
Report D10m
1 praktische Übung
Module 2 assessment24m
Woche
3
8 Stunden zum Abschließen

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

6 Videos (Gesamt 81 min), 16 Lektüren, 6 Quiz
6 Videos
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15m
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10m
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16m
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21m
Farewell3m
16 Lektüren
Virtual Machine setup1h
Analysis and visualization of read count data10m
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10m
Application of metagenomics in surveillance - methods10m
Potential of metagenomics for surveillance10m
Challenges of metagenomics for surveillance10m
Assessment case-study - part 45m
Report D10m
Epidemiology sheet and Report E10m
Introduction5m
Final quiz - section I - Sampling10m
Final quiz - section II - Quality control30m
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30m
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10m
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10m
Extra material for final assessment10m
6 praktische Übungen
Module 3 assessment10m
Final quiz - section I - Sampling18m
Final quiz - section II - Quality control30m
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30m
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30m
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30m
4.7
15 BewertungenChevron Right

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Top-Bewertungen von Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance

von MDMay 31st 2019

I learned a lot, they covered complex analysis topics in a clear, understandable way. I would recommend this course to anyone interested in microbial metagenomic analysis.

Dozenten

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Ana Sofia Ribeiro Duarte

Assistant Professor
National Food Institute
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Sünje Johanna Pamp

Associate Professor
Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark
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Liese Van Gompel

PhD Candidate Epidemiology
Utrecht University, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS)
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Pimlapas Leekitcharoenphon

PostDoc
Research Group for Genomic Epidemiology, DTU Food

Über Technical University of Denmark (DTU)

DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods....

Häufig gestellte Fragen

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