The field of metagenomics and whole community sequencing is a promising area to unravel the content of microbial communities and their relationship to disease and antimicrobial resistance in the human population. Bioinformatic tools are extremely important for making sense out of metagenomics data, by estimating the presence of pathogens and antimicrobial resistance determinants in complex samples. Combined with relevant explanatory data, metagenomics is a powerful tool for surveillance.
Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance
Technical University of Denmark (DTU)Über diesen Kurs
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Ca. 15 Stunden zum Abschließen
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Dozenten
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von
Technical University of Denmark (DTU)
DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods.
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
4 Stunden zum Abschließen
From sampling to sequencing
In this module, you will be introduced to metagenomics, some of the considerations and controls that need to be in place in a metagenomics study, and to the topic of antimicrobial resistance.
4 Stunden zum Abschließen
10 Videos (Gesamt 112 min), 13 Lektüren, 2 Quiz
10 Videos
Welcome14m
Introduction to metagenomics10m
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10m
Introduction to antimicrobial resistance11m
Sampling for surveillance18m
Sampling at farms and slaughterhouses14m
Sample storage2m
Isolation of DNA from complex samples10m
Sample processing for viral metagenomics7m
Sequencing platforms12m
13 Lektüren
Glossary20m
Get started !5m
Introduction to metagenomics2m
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2m
Introduction to antimicrobial resistance2m
Sampling for surveillance5m
Sampling at farms and slaughterhouses2m
Sample storage2m
Isolation of DNA from complex samples2m
Notes on library preparation5m
Sequencing platforms10m
Assessment case-study - part 15m
Assessment case study - part 22m
2 praktische Übungen
Module 1 assessment - part 130m
Module 1 assessment - part 230m
3 Stunden zum Abschließen
FROM READS TO RESULTS
In this module, you will be introduced to the basics of bioinformatics analysis of metagenomics data, including the different types of analysis possible and the different algorithms available. You will then learn about quality control, MGmapper and KRAKEN (two freely available bioinformatics pipelines), and ResFinder (a database of antimicrobial resistance genes). An example from a real study will demonstrate some of the challenges of a bioinformatics analysis.
3 Stunden zum Abschließen
6 Videos (Gesamt 64 min), 11 Lektüren, 1 Quiz
6 Videos
Overview of available metagenomic analysis tools7m
MGmapper13m
ResFinder database5m
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16m
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14m
11 Lektüren
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5m
Overview of available metagenomic analysis tools10m
MGmapper10m
MGmapper - Best mode vs Full mode10m
ResFinder database3m
Assessment case-study - part 310m
Samples sheet10m
Report A - FastQC results10m
Report B - MGmapper results10m
Report C - KRAKEN results10m
Report D10m
1 praktische Übung
Module 2 assessment30m
8 Stunden zum Abschließen
Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance
In this module you will learn about two different approaches to analyse and interpret sequence reads - classification and assembly. You will see examples of methods to vizualize read counts and to analyze metagenomics together with explanatory data. Last, you will learn the potential of metagenomics for the development of a future global and integrated surveillance, and the challenges you may encounter during that process
8 Stunden zum Abschließen
6 Videos (Gesamt 81 min), 16 Lektüren, 6 Quiz
6 Videos
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15m
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10m
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16m
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21m
Farewell3m
16 Lektüren
Virtual Machine setup1h
Analysis and visualization of read count data10m
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10m
Application of metagenomics in surveillance - methods10m
Potential of metagenomics for surveillance10m
Challenges of metagenomics for surveillance10m
Assessment case-study - part 45m
Report D10m
Epidemiology sheet and Report E10m
Introduction5m
Final quiz - section I - Sampling10m
Final quiz - section II - Quality control30m
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30m
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10m
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10m
Extra material for final assessment10m
6 praktische Übungen
Module 3 assessment30m
Final quiz - section I - Sampling18m
Final quiz - section II - Quality control30m
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30m
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30m
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30m
Bewertungen
Top-Bewertungen von METAGENOMICS APPLIED TO SURVEILLANCE OF PATHOGENS AND ANTIMICROBIAL RESISTANCE
von MQ16. Apr. 2020
This course proved helpful in anticipating the very basic idea of metagenomics analysis along with the useful explanation of data interpretation to dig out appropriate results.
von MD30. Mai 2019
I learned a lot, they covered complex analysis topics in a clear, understandable way. I would recommend this course to anyone interested in microbial metagenomic analysis.
von DD1. Aug. 2020
The course was well structured however I had little difficulty in doing last assignments I think some session on problem solving should be done before giving assignments.
von B22. Juni 2020
overall good learning as well they have given detailed and understandable knowledge which can help in future to identify as many as resistance gene to cure diseases
Häufig gestellte Fragen
Wann erhalte ich Zugang zu den Vorträgen und Aufgaben?
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