Neurohacking describes how to use the R programming language (https://cran.r-project.org/) and its associated package to perform manipulation, processing, and analysis of neuroimaging data. We focus on publicly-available structural magnetic resonance imaging (MRI). We discuss concepts such as inhomogeneity correction, image registration, and image visualization. By the end of this course, you will be able to: Read/write images of the brain in the NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) format Visualize and explore these images Perform inhomogeneity correction, brain extraction, and image registration (within a subject and to a template).
von
Johns Hopkins University
Über diesen Kurs
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Kompetenzen, die Sie erwerben
Image ProcessingBrainR ProgrammingNeurology
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
Woche
11 Stunde zum Abschließen
Introduction
3 Videos (Gesamt 30 min), 1 Lektüre, 1 Quiz
1 Lektüre
Syllabus10m
1 praktische Übung
Theme 1 Quiz16m
Woche
22 Stunden zum Abschließen
Neuroimaging: Formats and Visualization
In this section, we will discuss different formats that brain images come in, as well as some of the commonly done magnetic resonance imaging (MRI) scans.
7 Videos (Gesamt 74 min), 6 Quiz
7 Videos
The NIfTI Format9m
Basic Visualization 19m
Basic Visualization 29m
Basic Data Manipulation9m
Transformations and Smoothing14m
Basic MRI Contrasts9m
6 praktische Übungen
Theme 2 Lecture 1 Quiz10m
Theme 2 Lecture 2 Quiz10m
Theme 2 Lecture 3 Quiz10m
Theme 2 Lecture 4 Quiz10m
Theme 2 Lecture 5 Quiz10m
Theme 2 Lecture 6 Quiz10m
Woche
33 Stunden zum Abschließen
Image Processing
In this section, we will discuss the steps done to process brain MRI data. We will discuss inhomogeneity correction, brain extraction or skull stripping, and various image registration techniques.
9 Videos (Gesamt 71 min), 9 Quiz
9 Videos
Registration15m
fslr: System Requirements8m
Bias Field Correction Using fslr3m
Brain Extraction using fslr5m
Image Registration Using fslr5m
Installing ANTsR5m
Basic Data Manipulation with ANTsR4m
Pre-Processing with ANTSR7m
9 praktische Übungen
Theme 3 Quiz 110m
Theme 3 Quiz 210m
Theme 3 Quiz 312m
Theme 3 Quiz 410m
Theme 3 Quiz 510m
Theme 3 Quiz 610m
Theme 3 Quiz 710m
Theme 3 Quiz 810m
Theme 3 Quiz 910m
Woche
43 Stunden zum Abschließen
Extended Image Processing
In this section, we will discuss the different types of registration and how one would go through processing a multi-sequence MRI scan, as well as wrapper functions that make the process much easier. We also cover interactive exploration of brain image data and tissue-level (white/gray matter and cerebrospinal fluid (CSF)) segmentation from a T1-weighted image.
11 Videos (Gesamt 101 min), 1 Lektüre, 10 Quiz
11 Videos
Co-Registration using fslr9m
Co-Registration using ANTsR9m
Wrapper Functions for Processing Pipelines8m
Across-Visit Co-Registration of T1 Images6m
Rigid Registration to a Template8m
Affine Registration of T1 to Template4m
Nonlinear Registration of T1 to Template6m
Getting ROI Anatomic Information from Non-Linear Registration12m
Tissue-Level Segmentation7m
Papayar: Interactively Viewing Images in R22m
1 Lektüre
Papayar Script10m
10 praktische Übungen
Theme 4 Quiz 110m
Theme 4 Quiz 210m
Theme 4 Quiz 36m
Theme 4 Quiz 410m
Theme 4 Quiz 510m
Theme 4 Quiz 610m
Theme 4 Quiz 710m
Theme 4 Quiz 810m
Theme 4 Quiz 910m
Theme 4 Quiz 1010m
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11%
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Top-Bewertungen von Introduction to Neurohacking In R
I like that this course goes through most necessary steps, my only suggest would be to have one additional week where you go through everything all together, and then do some simple group analysis.
Thank you for the wonderful course. Especially useful when the team explains every new line of code. As a current undergraduate and aspiring neuroscience researcher, this is tremendously helpful.
Dozenten
Dr. Elizabeth Sweeney
Rice Academy Postdoctoral FellowBiostatistics
Ciprian M. Crainiceanu
ProfessorBiostatstics
John Muschelli III
Assistant ScientistBiostatistics
Über Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Häufig gestellte Fragen
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Was bekomme ich, wenn ich das Zertifikat erwerbe?
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