Neurohacking describes how to use the R programming language (https://cran.r-project.org/) and its associated package to perform manipulation, processing, and analysis of neuroimaging data. We focus on publicly-available structural magnetic resonance imaging (MRI). We discuss concepts such as inhomogeneity correction, image registration, and image visualization.
Dieser Kurs ist Teil der Spezialisierung Spezialisierung Neuroscience and Neuroimaging
von
Spezialisierung Neuroscience and NeuroimagingJohns Hopkins UniversityÜber diesen Kurs
18,100 kürzliche Aufrufe
Karriereergebnisse der Lernenden
25%
nahm einen neuen Beruf nach Abschluss dieser Kurse auf
11%
ziehen Sie für Ihren Beruf greifbaren Nutzen aus diesem Kurs
Zertifikat zur Vorlage
Erhalten Sie nach Abschluss ein Zertifikat
100 % online
Beginnen Sie sofort und lernen Sie in Ihrem eigenen Tempo.
Kurs 4 von 4 in
Flexible Fristen
Setzen Sie Fristen gemäß Ihrem Zeitplan zurück.
Stufe „Mittel“
Ca. 18 Stunden zum Abschließen
Englisch
Untertitel: Französisch, Portugiesisch (Brasilien), Russisch, Englisch, Spanisch
Kompetenzen, die Sie erwerben
Image ProcessingBrainR ProgrammingNeurology
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Englisch
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von
Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
1 Stunde zum Abschließen
Introduction
1 Stunde zum Abschließen
3 Videos (Gesamt 30 min), 1 Lektüre, 1 Quiz
1 Lektüre
Syllabus10m
1 praktische Übung
Theme 1 Quiz30m
4 Stunden zum Abschließen
Neuroimaging: Formats and Visualization
In this section, we will discuss different formats that brain images come in, as well as some of the commonly done magnetic resonance imaging (MRI) scans.
4 Stunden zum Abschließen
7 Videos (Gesamt 74 min)
7 Videos
The NIfTI Format9m
Basic Visualization 19m
Basic Visualization 29m
Basic Data Manipulation9m
Transformations and Smoothing14m
Basic MRI Contrasts9m
6 praktische Übungen
Theme 2 Lecture 1 Quiz30m
Theme 2 Lecture 2 Quiz30m
Theme 2 Lecture 3 Quiz30m
Theme 2 Lecture 4 Quiz30m
Theme 2 Lecture 5 Quiz30m
Theme 2 Lecture 6 Quiz30m
6 Stunden zum Abschließen
Image Processing
In this section, we will discuss the steps done to process brain MRI data. We will discuss inhomogeneity correction, brain extraction or skull stripping, and various image registration techniques.
6 Stunden zum Abschließen
9 Videos (Gesamt 71 min)
9 Videos
Registration15m
fslr: System Requirements8m
Bias Field Correction Using fslr3m
Brain Extraction using fslr5m
Image Registration Using fslr5m
Installing ANTsR5m
Basic Data Manipulation with ANTsR4m
Pre-Processing with ANTSR7m
9 praktische Übungen
Theme 3 Quiz 130m
Theme 3 Quiz 230m
Theme 3 Quiz 330m
Theme 3 Quiz 430m
Theme 3 Quiz 530m
Theme 3 Quiz 630m
Theme 3 Quiz 730m
Theme 3 Quiz 830m
Theme 3 Quiz 930m
7 Stunden zum Abschließen
Extended Image Processing
In this section, we will discuss the different types of registration and how one would go through processing a multi-sequence MRI scan, as well as wrapper functions that make the process much easier. We also cover interactive exploration of brain image data and tissue-level (white/gray matter and cerebrospinal fluid (CSF)) segmentation from a T1-weighted image.
7 Stunden zum Abschließen
11 Videos (Gesamt 101 min), 1 Lektüre, 10 Quiz
11 Videos
Co-Registration using fslr9m
Co-Registration using ANTsR9m
Wrapper Functions for Processing Pipelines8m
Across-Visit Co-Registration of T1 Images6m
Rigid Registration to a Template8m
Affine Registration of T1 to Template4m
Nonlinear Registration of T1 to Template6m
Getting ROI Anatomic Information from Non-Linear Registration12m
Tissue-Level Segmentation7m
Papayar: Interactively Viewing Images in R22m
1 Lektüre
Papayar Script10m
10 praktische Übungen
Theme 4 Quiz 130m
Theme 4 Quiz 230m
Theme 4 Quiz 330m
Theme 4 Quiz 430m
Theme 4 Quiz 530m
Theme 4 Quiz 630m
Theme 4 Quiz 730m
Theme 4 Quiz 830m
Theme 4 Quiz 930m
Theme 4 Quiz 1030m
Bewertungen
Top-Bewertungen von INTRODUCTION TO NEUROHACKING IN R
von BR8. Feb. 2017
I like that this course goes through most necessary steps, my only suggest would be to have one additional week where you go through everything all together, and then do some simple group analysis.
von SJ7. Mai 2019
Thank you for the wonderful course. Especially useful when the team explains every new line of code. As a current undergraduate and aspiring neuroscience researcher, this is tremendously helpful.
von SG28. Aug. 2020
The process of downloading packages on the virtual machine was very tiring. The documentation of it could have been provided more nicely. Like I was not aware about the 'sudo...'on LINUX.
von AN17. Juli 2017
Perfect! Precise to the subject and provides a lot of hands-on details, which is, unfortunately, something that most other similar courses don't do. Absolutely loved it!
Über den Spezialisierung Neuroscience and Neuroimaging
This specialization combines the strength of 4 different neuroscience courses into a cohesive learning experience. Taught by Johns Hopkins University, it begins with fundamental neuroscience concepts for neuroimaging. Neuroimaging methods are used with increasing frequency in clinical practice and basic research. Starting with the neuroanatomy of the brain, it then moves into principles of neuroimaging, including experimental design in neuroimaging, functional connectivity MRI, diffusion tensor imaging and spectroscopy imaging.
Häufig gestellte Fragen
Wann erhalte ich Zugang zu den Vorträgen und Aufgaben?
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Wenn Sie sich für den Kurs anmelden, erhalten Sie Zugriff auf alle Kurse der Spezialisierung und Sie erhalten nach Abschluss aller Arbeiten ein Zertifikat. Ihr elektronisches Zertifikat wird zu Ihrer Seite „Errungenschaften“ hinzugefügt – von dort können Sie Ihr Zertifikat ausdrucken oder es zu Ihrem LinkedIn Profil hinzufügen. Wenn Sie nur lesen und den Inhalt des Kurses anzeigen möchten, können Sie kostenlos als Gast an dem Kurs teilnehmen.
Is financial aid available?
Ja, Coursera bietet für Kursteilnehmer, die sich die Kursgebühr nicht leisten können, finanzielle Unterstützung an. Bewerben Sie sich dafür, indem Sie auf den Link für finanzielle Unterstützung links unter der Schaltfläche „Anmelden“ klicken. Sie werden zum Ausfüllen eines Antrags aufgefordert und werden bei Genehmigung benachrichtigt. Diesen Schritt müssen Sie für jeden Kurs der Spezialisierung ausführen, auch für das Abschlussprojekt. Mehr erfahren
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Für diesen Kurs gibt es keine akademischen Leistungspunkte, doch Hochschulen können nach eigenem Ermessen Leistungspunkte für Kurszertifikate vergeben. Wenden Sie sich an Ihre Einrichtung, um mehr zu erfahren. Online-Abschlüsse und Mastertrack™-Zertifikate auf Coursera bieten die Möglichkeit, akademische Leistungspunkte zu erwerben.
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