A Geometrical Approach to Genome Analysis: Skew & Z-Curve

von
Coursera Project Network
In diesem angeleitetes Projekt werden Sie:

Analyze complete genome using a geometrical method

Plot 2D- and 3D graphs in Python

Calculate, plot, and save complete genome profile

ClockAbout 60 minutes required for the project and 60 for the other materials (reading and assignment).
IntermediateMittel
CloudKein Download erforderlich
VideoVideo auf geteiltem Bildschirm
Comment DotsEnglisch
LaptopNur Desktop

In this 1-hour long project-based course, you will learn how to analyze a complete viral genome using geometrical methods (skews and Z-curve), 2D- and 3D-plotting in Python, and how to use some important Python libraries (like Tkinter, Matplotlib, and NumPy) helping you accomplish this. You will also learn about the genomes of some viruses including, Corona, SARS, HIV, Zika, Nidovirous, and rubella viruses.

Kompetenzen, die Sie erwerben werden

  • 3D
  • Personal Genomics
  • Python Programming
  • plotting
  • 2D

Schritt für Schritt lernen

In einem Video, das auf einer Hälfte Ihres Arbeitsbereichs abgespielt wird, führt Sie Ihr Dozent durch diese Schritte:

  1. Task 1: Getting Started with Geometrical Genome Analysis.

  2. Task 2: Skew and Z-Curve definitions

  3. Task 3: Locate the Data Files

  4. Task 4: Genome cDNA to Orginal Viral RNA

  5. Task 5: Skews and Z-Curve calculations

  6. Task 6: 2D Plotting (Skews part 1 of 2)

  7. Task 7: 2D Plotting (Skews part 2 of 2)

  8. Task 8: Z-Curve 2D and 3D plotting

  9. Task 9: Export results as PDF files.

Ablauf angeleiteter Projekte

Ihr Arbeitsbereich ist ein Cloud-Desktop direkt in Ihrem Browser, kein Download erforderlich

Ihr Dozent leitet Sie in einem Video mit geteiltem Bildschirm Schritt für Schritt an.

Häufig gestellte Fragen

Häufig gestellte Fragen

Haben Sie weitere Fragen? Besuchen Sie das Learner Help Center.