Über diesen Kurs
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100 % online

Beginnen Sie sofort und lernen Sie in Ihrem eigenen Tempo.

Flexible Fristen

Setzen Sie Fristen gemäß Ihrem Zeitplan zurück.

Stufe „Mittel“

None required but you should be familiar with basic aspects of plant and molecular biology. Bioinformatic Methods I and II would be good preparation

Ca. 11 Stunden zum Abschließen

Empfohlen: 6 weeks of hands-on study, plus 2 evaluation weeks. The hands-on modules will take 2-4 hours of time...

Englisch

Untertitel: Englisch

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None required but you should be familiar with basic aspects of plant and molecular biology. Bioinformatic Methods I and II would be good preparation

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Empfohlen: 6 weeks of hands-on study, plus 2 evaluation weeks. The hands-on modules will take 2-4 hours of time...

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Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden

Woche
1
3 Stunden zum Abschließen

Plant Genomic Databases, and useful sites for info about proteins

In this module we'll be exploring several plant databases including Ensembl Plants, Gramene, PLAZA, SUBA, TAIR and Araport. The information in these databases allows us to easily identify functional regions within gene products, view subcellular localization, find homologs in other species, and even explore pre-computed gene trees to see if our gene of interest has undergone a gene duplication event in another species, all at the click of a mouse!

...
4 Videos (Gesamt 44 min), 4 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Mini-lecture17m
Lab Discussion23m
Summary1m
4 Lektüren
Acknowledgements10m
Course Logistics10m
Mini-lecture Notes10m
Lab 1 -- Plant Genomic Databases and Tools for Exploring Protein Information1h 30m
1 praktische Übung
Lab Quiz 1
Woche
2
2 Stunden zum Abschließen

Expression Analysis

Vast databases of gene expression and nifty visualization tools allow us to explore where and when a gene is expressed. Often this information can be used to help guide a search for a phenotype if we don't see a phenotype in a gene mutant under "normal" growth conditions. We explore several tools for Arabidopsis data (eFP Browser, Genevestigator, TraVA DB, Araport) along with NCBI's Genome Data Viewer for RNA-seq data for other plant species. We also examine the MPSS database of small RNAs and degradation products to see if our example gene has any potential microRNA targets.

...
4 Videos (Gesamt 38 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Mini-lecture17m
Lab Discussion18m
Summary50
2 Lektüren
Mini-lecture Notes10m
Lab 2 -- Expression Analysis1h 30m
1 praktische Übung
Lab Quiz 2
Woche
3
2 Stunden zum Abschließen

Coexpression Tools

Being able to group genes by similar patterns of expression across expression data sets using algorithms like WGCNA is a very useful way of organizing the data. Clusters of genes with similar patterns of expression can then be subject to Gene Ontology term enrichment analysis (see Module 5) or examined to see if they are part of the same pathway. What's even more powerful is being able to identify genes with similar patterns of expression without doing a single expression profiling experiment, by mining gene expression databases! There are several tools that allow you to do this in many plant species simply by entering a query gene identifier. The genes that are returned are often in the same biological process as the query gene, and thus this "guilt-by-association" paradigm is a excellent tool for hypothesis generation.

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4 Videos (Gesamt 29 min), 2 Lektüren, 1 Quiz
4 Videos
Mini-lecture9m
Lab Discussion16m
Summary49
2 Lektüren
Mini-lecture Notes10m
Lab 3 -- Coexpression Tools1h 30m
1 praktische Übung
Lab Quiz 3
Woche
4

Sectional Quiz 1

...
1 Quiz
1 praktische Übung
Sectional Quiz 1
4.8
8 BewertungenChevron Right

Top reviews from Plant Bioinformatics

von QRMar 10th 2019

Very good course for mastering bioinformatics skills. Genetics and molecular biology students/professionals should take this course to augment their research skills.

von WHFeb 12th 2019

Great overview of the different tools available for plant bio

Dozent

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Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

Über University of Toronto

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Häufig gestellte Fragen

  • Sobald Sie sich für ein Zertifikat angemeldet haben, haben Sie Zugriff auf alle Videos, Quizspiele und Programmieraufgaben (falls zutreffend). Aufgaben, die von anderen Kursteilnehmern bewertet werden, können erst dann eingereicht und überprüft werden, wenn Ihr Unterricht begonnen hat. Wenn Sie sich den Kurs anschauen möchten, ohne ihn zu kaufen, können Sie womöglich auf bestimmte Aufgaben nicht zugreifen.

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