Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
Dieser Kurs ist Teil der Spezialisierung Spezialisierung Genomic Data Science
Bioconductor for Genomic Data Science
von
Über diesen Kurs
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Kompetenzen, die Sie erwerben
BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
Woche
13 Stunden zum Abschließen
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
16 Videos (Gesamt 126 min), 3 Lektüren, 1 Quiz
16 Videos
Installing R on A Mac 2m
Installing R Studio on a Mac 1m
What is Bioconductor7m
Installing Bioconductor3m
The Bioconductor Website9m
Useful Online Resources5m
R Base Types18m
GRanges - Overview4m
IRanges - Basic Usage12m
GenomicRanges - GRanges8m
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8m
GenomicRanges - seqinfo6m
AnnotationHub8m
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112m
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213m
3 Lektüren
Welcome10m
Syllabus10m
Pre Course Survey10m
1 praktische Übung
Quiz 120m
Woche
22 Stunden zum Abschließen
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
8 Videos (Gesamt 81 min), 1 Quiz
8 Videos
BSgenome6m
Biostrings - Matching6m
BSgenome - Views9m
GenomicRanges - Rle12m
GenomicRanges - Lists6m
GenomicFeatures18m
rtracklayer - Data Import14m
1 praktische Übung
Quiz 220m
Woche
32 Stunden zum Abschließen
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
9 Videos (Gesamt 79 min), 1 Quiz
9 Videos
Annotation Overview4m
ExpressionSet Overview4m
ExpressionSet9m
SummarizedExperiment7m
GEOquery6m
biomaRt13m
R S4 Classes16m
R S4 Methods10m
1 praktische Übung
Quiz 320m
Woche
42 Stunden zum Abschließen
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
7 Videos (Gesamt 81 min), 1 Lektüre, 1 Quiz
7 Videos
Short Read4m
Rsamtools12m
oligo14m
limma16m
minfi11m
Count-based RNA-seq analysis15m
1 Lektüre
Post Course Survey10m
1 praktische Übung
Quiz 420m
Top reviews from Bioconductor for Genomic Data Science
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.
Dozent
Kasper Daniel Hansen, PhD
Assistant Professor, Biostatistics and Genetic MedicineBloomberg School of Public Health
Über Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Über die Spezialisierung Genomic Data Science
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
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Häufig gestellte Fragen
Wann erhalte ich Zugang zu den Vorträgen und Aufgaben?
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