We will learn computational methods -- algorithms and data structures -- for analyzing DNA sequencing data. We will learn a little about DNA, genomics, and how DNA sequencing is used. We will use Python to implement key algorithms and data structures and to analyze real genomes and DNA sequencing datasets.
von
Johns Hopkins UniversityÃœber diesen Kurs
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Beginnen Sie sofort und lernen Sie in Ihrem eigenen Tempo.
Ca. 12 Stunden zum Abschließen
Englisch
Untertitel: Arabischer Raum, Französisch, Portugiesisch (europäisch), Italienisch, Vietnamesisch, Deutsch, Russisch, Englisch, Spanisch
Kompetenzen, die Sie erwerben
- Bioinformatics Algorithms
- Algorithms
- Python Programming
- Algorithms On Strings
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von
Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Lehrplan - Was Sie in diesem Kurs lernen werden
4 Stunden zum Abschließen
DNA sequencing, strings and matching
This module we begin our exploration of algorithms for analyzing DNA sequencing data. We'll discuss DNA sequencing technology, its past and present, and how it works.
4 Stunden zum Abschließen
19 Videos (Gesamt 112 min), 7 Lektüren, 2 Quiz
3 Stunden zum Abschließen
Preprocessing, indexing and approximate matching
In this module, we learn useful and flexible new algorithms for solving the exact and approximate matching problems. We'll start by learning Boyer-Moore, a fast and very widely used algorithm for exact matching
3 Stunden zum Abschließen
15 Videos (Gesamt 114 min), 1 Lektüre, 2 Quiz
3 Stunden zum Abschließen
Edit distance, assembly, overlaps
This week we finish our discussion of read alignment by learning about algorithms that solve both the edit distance problem and related biosequence analysis problems, like global and local alignment.
3 Stunden zum Abschließen
13 Videos (Gesamt 92 min), 1 Lektüre, 2 Quiz
3 Stunden zum Abschließen
Algorithms for assembly
In the last module we began our discussion of the assembly problem and we saw a couple basic principles behind it. In this module, we'll learn a few ways to solve the alignment problem.
3 Stunden zum Abschließen
13 Videos (Gesamt 83 min), 1 Lektüre, 2 Quiz
Bewertungen
- 5 stars80,72Â %
- 4 stars14,89Â %
- 3 stars3Â %
- 2 stars0,50Â %
- 1 star0,87Â %
Top-Bewertungen von ALGORITHMS FOR DNA SEQUENCING
von VK7. Aug. 2017
This course provided me a very quick overview of all the core concepts pertaining to DNA sequencing. It is very well organized, crystal clear demonstration of concepts and I really enjoyed the course.
von LS16. Dez. 2021
This course is a great starting point in alignment algorithms. The topics are well explained, but lack practical depth. I strongly recommend this course to any bioinformatician in development!
von LJ14. März 2016
I had a lot of fun doing the little programming assignments in this course. I did not know I like algorithms this much. The pace is good and it is well taught.
von OE18. Okt. 2018
I loved this course a lot. It's well organized. The lectures are clear. And the practicals are highly useful. Also, the assignments are helpful.
Häufig gestellte Fragen
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